Місія Інституту:
створювати, накопичувати, систематизувати, зберігати і поширювати сучасні наукові знання для покращення якості життя людей; готувати висококваліфікованих фахівців інтелектуального та особистісного розвитку, затребуваних на ринку праці.
Навчальний заклад засновано 1 липня 1895 року як ремісниче училище. У 1900 році перейменоване в Ніжинське технічне училище iменi А.Ф. Кушакевича. На початку ХХ століття відбулися реорганізаційні перетворення. У 1933 році одержав назву Ніжинського технікуму механізації сільського господарства; у 1993 році – Ніжинського агротехнічного коледжу; у 1996 році заклад увійшов до складу Національного аграрного університету. У 2001 році навчальний заклад набув статусу інституту, який у 2005 році отримав ІІІ рівень акредитації. За роки діяльності навчального закладу підготовлено понад 30 тисяч фахівців.
Сьогодні Ніжинський агротехнічний інститут – це відокремлений підрозділ Національного університету біоресурсів і природокористування України, провідний аграрний заклад вищої освіти Чернігівщини, що провадить інноваційну освітню діяльність, пов’язану з наданням освіти бакалаврського та магістерського рівнів за кількома галузями знань, та бере участь у реалізації ступеневої системи освіти в НУБіП України; здійснює фундаментальні і прикладні дослідження в аграрній сфері та впроваджує їх результати у виробничий сектор агропромислового комплексу.
В інституті функціонують факультет інженерії та енергетики й факультет агротехнологій та економіки. Підготовка фахівців освітнього ступеня бакалавра здійснюється за спеціальностями: «Агроінженерія», «Технологія виробництва та переробки продукції тваринництва», «Електроенергетика, електротехніка та електромеханіка», «Агрономія», «Облік і оподаткування», «Менеджмент», «Підприємництво та торгівля», «Транспортні технології (на автомобільному транспорті)»; освітнього ступеня магістра: «Агроінженерія», «Електроенергетика, електротехніка та електромеханіка», «Облік і оподаткування». На факультетах навчаються близько 800 студентів, в тому числі за денною формою навчання – 620 студентів.
Якість освітнього процесу забезпечують 9 кафедр, на яких працюють 8 докторів наук, 43 кандидати наук, 9 професорів, 27 доцентів та старших наукових співробітників. Відсоток викладачів із науковими ступенями та вченими званнями в інституті складає 89%.
До складу Інституту входять такі структурні підрозділи:
- факультети; кафедри;
- навчальні, навчально-наукові, науково-дослідні, навчально-виробничі та навчально-науково-виробничі лабораторії;
- навчально-науково-виробничий підрозділ.
Основними завданнями відповідно до Положення про Інститут є:
Інноваційна освітня і культурно-просвітницька діяльність:
- підготовка за державним замовленням і договірними зобов’язаннями фахівців для агропромислового комплексу та інших галузей України;
- забезпечення подальшого вдосконалення системи вищої освіти і науки в Україні відповідно до вимог Болонського процесу та міжнародних стандартів сталого розвитку агросфери, біоресурсів і сільських територій;
- надання інших освітніх послуг, не заборонених законодавством України;
- підготовка фахівців з числа іноземних громадян;
- підготовка, перепідготовка, атестація, підвищення кваліфікації педагогічних, управлінських та інших категорій працівників, у тому числі й іноземних громадян;
- підвищення кваліфікації та перепідготовка фахівців для сільського господарства і природоохоронної галузі;
- участь у міжнародних освітніх та наукових програмах, програмах міждержавного обміну осіб, які навчаються, та науково-педагогічних працівників;
- підготовка, видання і реалізація навчальної, наукової, навчально-методичної літератури та іншої видавничої продукції;
- вивчення попиту і інформування осіб, які навчаються, на окремі спеціальності в аграрній сфері й інформування осіб, які навчаються, про ринок зайнятості в Україні;
- проведення профорієнтаційної роботи і довузівська підготовка молоді;
- створення належних умов для навчання, праці, охорони здоров'я, відпочинку та оздоровлення осіб, які навчаються, і працівників Інституту;
- культурно-освітня, спортивно-оздоровча діяльність.
Наукова, дослідницька і видавнича діяльність:
- наукова, науково-технічна та інформаційно-консультаційна діяльність;
- організація і проведення фундаментальних та/або прикладних наукових досліджень;
- організація і проведення конференцій, симпозіумів, конгресів, у тому числі міжнародних;
- розроблення науково-методичних рекомендацій щодо проведення експертизи якості насіннєвого та посадкового матеріалу, сільськогосподарської сировини та продовольства, проведення їх експертизи і стандартизації відповідно до міжнародних вимог;
- випуск наукових праць наукових і науково-педагогічних працівників, матеріалів конференцій, симпозіумів, нарад, тематичних збірників, наукових звітів та інших видань з питань розвитку аграрної сфери, економіки, охорони довкілля, соціального розвитку села.
Інноваційна діяльність:
- розроблення та впровадження сучасних технологій з додержанням принципів захисту інтелектуальної власності;
- розроблення, випробування, стандартизація і впровадження новітнього обладнання, техніки та агротехнологій, одержання біологічно повноцінної та екологічно чистої продукції, сировини і продовольства у виробничих секторах агро-, лісо-, водогосподарського і природного комплексів;
- упровадження міжнародних стандартів та дотримання біоетики в діагностиці, профілактиці, лікуванні і забезпеченні здоров'я тварин та рослин;
- моніторинг, прогнозування і моделювання сталого розвитку наземних і водних екосистем із застосуванням сучасних технологій раціонального природокористування і відновлення сільських територій;
- інформаційно-консультаційне задоволення потреб сільськогосподарських товаровиробників та населення у процесі впровадження сучасних механізмів, систем управління у сфері розвитку соціально-економічних, земельних, правових відносин і формування державної політики в агропромисловій і природоохоронній галузях;
Міжнародна діяльність:
- провадження міжнародної діяльності у сфері науки і освіти в межах законодавства України, посилення інтеграції в світовий освітній і науковий простір;
- участь у реалізації міжнародних проектів і програм, науково-практичних конференціях, семінарах та виставках.